佐米曲普坦的副作用一般不大。该药物适用于成人伴有或者是不伴有先兆症状的偏头痛的急性治疗，但可能会出现恶心、头晕、嗜睡、温热感以及口干无力等不良反应，其通常不需治疗就可以自行缓解。若患者的不适症状比较严重，则需要及时停止使用该药物，并去医院心血管内科就诊。在治疗期间，需要注意清淡饮食。
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